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华哥科研平台使命：在大数据分析技术的加持下做出更有价值的科研成果，推动医学研究和生命科学的发展。

授课理念：将生信内容全部学懂（理解）、学会（会敲代码分析）、学透彻（站在课题顶层设计角度理解）、学以致用（用到自己的标书申请和文章发表中）。

华哥科研平台介绍

1.从19年开始到现在，我们在生信教育领域深耕六年之久，时间是最好的证明！

2.一对一指导、包教包会是我们开培训班五年来一贯的宗旨。我们敢承诺包教会的底气是来自多年的讲课经验和认真负责的态度。课程结束，答疑不结束！

3.六年来华哥培训班的学员发表Cell、Nature、Science主刊文章8篇，子刊及一区文章累计超过90篇！部分学员成果展示如下：

4.深入剖析二十多篇CNS文章的分析思路和分析方法，按照CNS文章源代码讲解，以文章的fig为例进行代码演示和复现学习，个性化分析。

空转班内容介绍

第1节：Python编程语言入门

1.Spyder和Anaconda安装

2.环境配置；基本语法、数据类型等

3.Python控制流与函数（条件语句、循环语句、函数定义、返回值）

第2节：Python数据结构进阶

1.列表、元组、字典、集合高级用法

2.Python包（numpy、pandas、matplotlib等）

3.了解Shell，基础命令学习（文件操作、权限管理）

第3节：空间转录组在CNS文章应用

1.空间转录组CNS文章思路解析PandaVPN Lite - 安全快速VPN代理

2.空间转录组技术在科研领域的应用

3.空间转录组技术在不同科学等领域的研究内容及思路及常见图形解读

第4节：以Nature Genetics文章源代码为例，系统学习squidpy和scanpy的系统分析

1.常规空间转录组数据读取

2.数据质控--scrublet去除双细胞

3.归一化处理、PCA降维、聚类、UMAP

第5节：反卷积算法【Science】源代码

1.CCA锚定算法--【Nature】源代码

2.非负矩阵分解和非负最小二乘

3.深度学习框架--Tangram

第6节：Visium HD空转数据系统分析【Science】

1.Python的scanpy分析Visium HD数据

2.R语言的Seurat分析Visium HD数据

第7节：Stereo-seq空转数据分析【Cell】源代码

1.Tissue Segmentation、Cell Correction分析

2.SpaTrack、PAGA、RNA Velocity分析

第8节：Cell2location采用贝叶斯层次框架--整合单细胞和空转数据--【Cell】源代码

1.计算单细胞细胞类型的表达特征

2.训练模型--【Sci Transl Med】源代码PandaVPN Lite - 安全快速VPN代理

3. MI A---多模态数据取交集方法分析

第9节：Hotspot识别空间数据集中信息基因（和基因模块）探索空间组织微环境【Nat Genet】

1.计算 KNN 图--【Nat Genet】源代码

2.查找信息基因，将基因分组到模块

3.评估成对基因关联【Nat Med】源代码

第10节：Banksy--深入地理解细胞间的相互作用和组织构造【Science】

1.空转数据分析之生态位聚类算法Banksy

2.空间转录组学数据中细胞邻居依赖性基因表达的新方法【Neuron】

3.根据微环境对细胞进行分类，CellNeighborEX 使用直接细胞定位

第11节：表达增强：BayesSpace--利用空间转录组数据中的邻域结构来增加子点级别分辨率的计算方法【Nat Commun】

1.TESLA--利用神经网络CNN算法提高空转的分辨率

2.分辨率增强的聚类可以识别重要的生物结构【Cell】

第12节：空间转录组的轨迹分析-【Cancer Cell】

1.stlearn：基于全组织SME均一化的PAGA轨迹分析

2.SPATA：空间背景下不同表达的基因和基因集轨迹变化【Cell】

3.CytoTRACE进行发育起点推断【Immunity】

第13节：MISTy--空间细胞共定位【Nat Med】

1.MISTy不仅可以做细胞-细胞之间的dependency

2.基因和基因之间、细胞和通路之间的dependency

第14节：COMMOT--细胞间通讯【Cell】

1.利用最优运输进行空间转录组细胞间通讯分析

2.推断的信号传导与已知下游基因活性相关性【NC】

第15节：细胞互作分析 -- NicheNet、CellChat

1.CellChat各种图形可视化【Cell】

2.NicheNet分析配体对下游基因调控

3.cellphoneDB多形式可视化【Nat Genet】

第16节：空转速率分析-SIRV【Nat Med】

1.单细胞分辨率推断空间 RNA 速度【Cell】

2.空间转换张量方法重建空间数据中的细胞吸引子

第17节：空间细胞网络构建--cell degree

1.构建空间近邻网络【Nat Commun】

2.在空间领域展示细胞网络【Cell】

第18节：空间区域组织模块发现以【Nat Med】

1.深度学习框架的人工智能算法 SPACE

2.ISCHIA细胞类型和转录物在同一位置空间共现

3.空间转录组数据中识别空间类型和发现组织模块

第19节：GiottoPandaVPN Lite - 安全快速VPN代理